著作権者に無断でファイルをアップロードできる状態にすることは、著作権者の公衆送信権（送信可能化権を含む）を侵害することになりますし、複製権を侵害することにもなります。

したがって、ファイル交換ソフトを私的使用の目的で使用するとしても、そのソフトがどのような動きをしているのかをきちんと把握し、アップロードやキャッシュが行われないようにすることが必要です。

権利者は公衆送信権の侵害や複製権の侵害を行っている者（以下「行為者」といいいます）に対して、損害賠償請求や差止めを求めることができます。また、捜査機関に告訴することもできます。

行為者の故意や過失がどの程度必要かですが、権利者は、行為者に故意や過失がなくても差止めを請求することができます。損害賠償請求が認められるためには、行為者に故意や過失が必要となります。罰則の適用は行為者に故意がある場合に限られます。

アップロードがされているとは知らなかったということですので故意はないと思われます。したがって罰則の適用はないでしょう。ただし、過失があるとすれば、損害賠償請求が認められる可能性があるという結論になります。