振替を認める必要はありません。

　年次有給休暇は、労働者に認められた権利で、労働者が年次有給休暇を行使すると使用者に伝えた場合、原則として、その日の労働義務は消滅しますが、賃金の支払いを受けられるという状態になります。
使用者は、労働者が請求した時季に年次有給休暇を与えると、事業の正常な運営を妨げる場合に、時季をずらすことができるだけで、取得を認めない、ということはできません。
　年次有給休暇の請求は、労働義務を消滅させる効果を持つのですが、これは、将来の労働義務を消滅させるものと理解されており、過去に遡ることはできないと考えられています。
　つまり、労働義務のあった日に欠勤し、あとからその日の労働義務を消滅させるために有給休暇を申請するというのは本来はできないことであり、使用者と労働者が合意によってそのような取扱いをすることが可能であるというに止まります。

　したがって、欠勤や遅刻、早退の場合に、後から有給休暇を申請して、それらの時間の労働義務を消滅させる権利は、労働者にはなく、そのような扱いを認めるか否かは使用者に委ねられていますので、有給休暇の振替を認める必要はないということになります。